Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının tebliğine göre, programın koordinasyonu Bakanlık tarafından yapılacak. Programın uygulanacağı okullar, veli izinleri doğrultusunda Milli Eğitim Bakanlığı tarafından belirlenecek ve Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığına bildirilecek.

Okul sütleri, yurt içinden temin edilen çiğ sütlerden Kamu İhale Kanunu ve ilgili mevzuata göre gerekli onay belgesine sahip ülke içinde UHT (genellikle uzun ömürlü sütlerde kullanılan bir işleme teknolojisi) içme sütü üretimi yapan gıda işletmelerinden Bakanlıkça alınacak.     

İllerde okul sütü komisyonlarının sekretaryasının yürütülmesinin yanı sıra okul sütünün okullara ulaştırılmasının kontrolü, uygun şartlarda muhafazası ve tüketimlerinin sağlanmasından, il okul sütü komisyonu ile il milli eğitim müdürlükleri sorumlu olacak.     

Öğrenci velileri, öğretmenler, aile hekimleri veya sağlık kurumlarınca süte karşı duyarlılığı tespit edilen öğrenciler, okul yönetimleri tarafından program dışında tutulacak.     

Okul sütü üretimi yapılan illerde, gıda, tarım ve hayvancılık müdürlüklerince sütlerin her bir partisinden numune alınacak. Numunelere ait analiz sonuçları, teslimi yapılacak illerdeki gıda, tarım ve hayvancılık müdürlüklerine gönderilecek.     

Milli Eğitim ve Sağlık Bakanlıklarınca, program başlamadan önce ailelere süt içimi sonrası oluşabilecek basit rahatsızlıklar ve bulguların anlatıldığı, bu bulguların büyük bir bölümünün geçici ve hafif olduğunun belirtildiği, sütün öneminin vurgulandığı eğitim programları düzenlenecek.     

Program için gerekli eğitim ve tanıtım materyallerinin temini, yayımı ve dağıtımı Ulusal Süt Konseyince yapılacak.     

Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının izni olmadan, gerçek veya tüzel kişiliklerce programla ilgili eğitim ve tanıtım materyali yayımı ve dağıtımında bulunulamayacak.